A FITRef reconhece a grande importância existente no apoio de outros irmãos, que trabalham na mesma área de ensino, que possam compartilhar os dons de Jesus Cristo, desenvolvendo um clima de mútuo aprendizado entre colaboradores. Por essa razão, a FITRef procura firmar um ou mais convênios com outras escolas reformadas de ensino superior, e com outras instituições comprometidas com a fé reformada.
No Brasil, a FITRef trabalha em cooperação com a ARPAV – Associação Reformada Palavra da Verdade, uma instituição religiosa educacional com sede em Belém. Ligada à Igreja Presbiteriana Central do Pará, a ARPAV mantém o Centro de Estudos John Knox, uma livraria, uma biblioteca virtual, organiza uma conferência reformada anual em Belém, além de cooperar com outras instituições reformadas.
A FITRef tem uma parceria com o Curso FIEL de Liderança (CFL). Divulga-se este Curso e os participantes do Curso podem aproveitar os créditos dele quando se matriculam na FITRef. A Editora FIEL também divulga e apoia a FITRef.
No Canadá, a FITRef mantém laços de amizade com os professores do CRTS – Canadian Reformed Theological Seminary.