A FITRef é uma escola autônoma. Ela não é governada por qualquer federação de igrejas ou por uma igreja local. Ela compreende que o ensino da Palavra e o treinamento de ministros da Palavra são da responsabilidade de presbíteros e ministros da Palavra ordenados pela Igreja. Entretanto, na situação atual de diversidade de igrejas menos e mais reformadas, bem como para cumprir o objetivo de estabelecer uma base e ter alcance internacional, parece ser o melhor caminho que a Faculdade não seja supervisionada por igrejas. Essa supervisão está indiretamente assegurada, uma vez que a Faculdade é governada e coordenada por ministros da Palavra e presbíteros atuantes de várias igrejas reformadas, em plena comunhão com a igreja local, e que possuem habilidades ou interesses na área da educação teológica. Esses irmãos são escolhidos pelo Conselho Diretor da FITRef.
A FITRef se coloca a serviço das igrejas de Cristo e ensina os alunos a assumirem e exercitarem a sua vocação dentro de igrejas fiéis, sendo também zelosos na preservação da unidade do corpo de Cristo e empenhando-se na manutenção da disciplina fiel nas igrejas do Senhor. Os professores são membros fiéis das suas igrejas e se submetem às suas supervisões. Os alunos são ensinados a se submeterem ao governo das suas Igrejas. Através de núcleos de estudo organizados por igrejas, a FITRef busca a boa cooperação entre a Faculdade e as igrejas. Essas estarão sempre sendo convidadas a enviarem sugestões e avaliações à FITRef, na procura de sempre serem tomadas as melhores decisões de acordo com as prescrições das Escrituras.
No tocante à Igreja Presbiteriana do Brasil, vale destacar a decisão tomada no tocante à FITRef. Nessa denominação, o seu Supremo Concílio determinou que cabe à sua JET-Junta de Educação Teológica apreciar e decidir sobre quais instituições de ensino teológico podem ser declaradas “confessionalmente idôneas”, tendo ensino teológico compatível com suas próprias instituições.
Sob consulta de um dos presbitérios da denominação, no ano de 2010, a Junta de Educação Teológica da Igreja Presbiteriana do Brasil apontou a primeira instituição de ensino teológico alheia aos seus próprios quadros com esse reconhecimento – a saber, a FITRef.
Embora sem vínculo oficial com nenhuma igreja, a Faculdade expressa afinidade com as igrejas da International Conference of Reformed Churches (Conferência Internacional de Igrejas Reformadas) e se posiciona como defensora da doutrina reformada promovida por estas igrejas.